機柜前部的氣簾易碎，并且很容易被與之平行的人員打開，通過打開的窗戶，送風裝置或實驗室設備（例如真空泵，離心機）產生空氣流動。生物安全柜應按照加拿大標準協(xié)會（CSA）生物安全柜（I類和II類）：安裝和現(xiàn)場測試中列出的要求進行安裝。它們應遠離高流量區(qū)域，門和供氣/排氣格柵，可能會中斷氣流模式。機柜頂部的排氣口與頂部障礙物之間應**少保持40 cm的暢通無阻距離。在可能的情況下，應在機柜的每一側提供30厘米的間隙以便維修。對于管道式機柜，排氣系統(tǒng)上的鼓風機應位于管道系統(tǒng)的末端; 排氣流失敗應向用戶發(fā)出警報。為防止機柜受壓，應安裝聯(lián)鎖系統(tǒng)，以防止機柜鼓風機在排氣流量不足時工作; 可能需要防回流裝置來防止反向氣流通過HEPA過濾器。

生物安全柜的連續(xù)操作有助于控制實驗室中的灰塵水平和其他空氣中的微粒。如果生物安全柜僅在需要時才運行以節(jié)約能源，則必須考慮實驗室空氣的平衡。在某些情況下，室內排氣是平衡的，包括通過管道生物安全柜排出的空氣，并且這些機柜不得關閉。

不建議向生物安全柜提供天然氣。生物安全柜中的明火會產生湍流，破壞氣流模式并可能損壞HEPA過濾器。如果不可能使用合適的替代品（例如一次性無菌環(huán)，微型焚化爐），可以使用具有指示燈以根據(jù)需要提供火焰的觸板微燃燒器。